Проблема заключалась в том, что типография требует финальные ПДФ в версии 1.3 (Acrobat 4.x). В настройках дистайлера настроено на вывод PDF из PSника на версию 1.3, но Акробат при использовании Extract Pages изменяет версию на более позднюю (в зависимости от версии Акробата). А типография требует именно постраничник.
После некоторых поисков набрел на простенькую, но довольно многофункциональную программу PDFsam Basic. С помощью этой программы вы сможете: